В письме ФНС России от 27.08.2024 № ЕА-4-15/9785@ «По вопросу начисления процентов за пользование бюджетными средствами» ФНС дала подробные разъяснения своим органам, как следует действовать, чтобы избежать неверного начисления процентов за пользование средствами, выделенными из бюджета. Речь идет о ситуациях, описанных в п. 17 ст. 176.1 НК РФ, когда в ответ на заявление налогоплательщика произведено возмещение ранее уплаченного НДС, а впоследствии решение о таком возмещении по каким-либо причинам полностью или частично отменено (например, в связи с подачей уточненной декларации о налогах).
В этом случае у налогоплательщика появляется обязанность вернуть излишне полученные денежные средства в бюджет. Кроме того, на сумму, которую требуется вернуть, начисляются сначала проценты, а потом пени. То и другое налогоплательщику тоже придется уплатить. Проценты начисляются начиная с третьего дня после принятия решения о возмещении и до дня принятия решения об отмене возмещения, а пени начинают копиться со следующего дня после дня принятия решения об отмене возмещения.
В рассматриваемом письме ФНС указано, что расчет процентов при вынесении соответствующего решения об отмене возмещения производится автоматически специальной программой. Последующая корректировка такого расчета в программе невозможна. Для того чтобы внести исправления, работникам налоговых органов следует обращаться в техподдержку с описанием проблемы.
Кроме того, в каждом случае необходимо перепроверять точность исчисления процентов вручную с учетом указанного выше положения ст. 176.1 НК РФ. Другими словами, следует подсчитывать подлежащие уплате проценты с третьего дня после вынесения решения о возмещении до дня, когда было принято решение об отмене возмещения, а далее, со следующего дня после отмены, насчитывать пени до дня фактического возврата бюджетных денег.
ФНС также уточнила методику исчисления процентов и пени. Проценты для рассматриваемых целей рассчитываются исходя из двукратной (в некоторых случаях, установленных абз. 2 п. 1 ст. 176.1 НК РФ, — однократной) ключевой ставки ЦБ РФ. Ставка берется в том размере, в котором она действовала, когда налогоплательщик пользовался бюджетными деньгами.
Пени рассчитываются по правилам, установленным ст. 75 НК РФ.

Источник