Всё зависит от того, что будет указано в договоре оказания услуг.

По общему правилу организации, выплачивающие доходы физлицу являются налоговыми агентами и должны удержать и уплатить сумму НДФЛ (ст. 226 НК РФ). При этом предприниматели-физлица самостоятельно исчисляют и уплачивают налог по суммам доходов, полученных от своего бизнеса (п. 1 ст. 227 НК РФ). То есть, как поясняет налоговая служба, ИП при получении доходов от осуществления предпринимательской деятельности, в том числе доходов, выплачиваемых ему организацией за оказанные услуги, самостоятельно исчисляет и уплачивает НДФЛ. В данном случае организация не будет являться налоговым агентом и не должна исчислять и уплачивать налог (письмо ФНС России от 22 февраля 2019 г. № БС-4-11/3122@).

Другая ситуация, когда организация оплачивает ИП за услуги, не подпадающие под виды деятельности, указанные при регистрации предпринимателя. В этом случае, как полагает ФНС России, организация, выплатившая доход предпринимателю, не будет являться налоговым агентом, если в договоре указано, что «поставщик услуг» действует в качестве ИП. Такой порядок будет применяться вне зависимости от кодов ОКВЭД, содержащихся в ЕГРИП в отношении такого ИП.
Организация будет выступать в качестве налогового агента только в случае, если по договору услуги ей оказаны физлицом без указания на наличие статуса ИП.

Источник