Это пояснила ФНС России на своем официальном сайте.

При положительном сальдо единого налогового счета можно зачесть данные средства в счет исполнения будущей обязанности по уплате конкретного налога.

Для зачета переплаты (положительное сальдо) ЕНС необходимо подать в налоговый орган по месту своего учета заявление о распоряжении путем зачета суммой денежных средств, формирующих положительное сальдо ЕНС налогоплательщика, плательщика сбора, плательщика страховых взносов и (или) налогового агента (КНД 1150057) в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи (ТКС) или через «Личный кабинет налогоплательщика».
Индивидуальные предприниматели заявление о зачете могут направлять с использованием неквалифицированной электронной подписи физического лица, которую можно сформировать в «Личном кабинете налогоплательщика».

Налоговая инспекция осуществит зачет не позднее рабочего дня, следующего за днем получения заявления.

Если положительное сальдо ЕНС будет меньше суммы налога, указанной в заявлении, то зачет пройдет частично (в пределах положительного остатка на ЕНС).

Источник